Išties sunku pasakyti, kada pradėta laidoti Kaišiadorių kapinėse, tačiau 1826 m. Žiežmarių klebonijai priklausiusių Bartaičių, Jatkonių kaimų ir jų apylinkių plane, toje vietoje, kur šiandien stovi Partizanų koplyčia, nurodytas „senas totorių kapas“. Buvo pažymėtos ir „totorių kapinės“ – dabar toje vietoje yra Gudienos poilsiavietė (anapus geležinkelio) ir jokių kapinių žymių jau nelikę: šios totorių kapinės rašytiniuose šaltiniuose minimos dar nuo seniau – 1682 m. rašytu testamentu Verdasavos dvaro savininkas totorius Jachija Chašaidarovičius nurodė jį palaidoti kapinėse Verdasavos lauke pagal jo tikėjimo (t. y. musulmonų) papročius. Verdasavos dvaro pastatai buvo ant Verdasos upelio (kurį užtvenkus įkurti Instituto I ir II tvenkiniai) kranto – maždaug ten, kur ir šiandien stovi buvusio Kaišiadorių dvaro gyvenamasis pastatas. Greičiausiai šios kapinės ir turėtos omeny, kai 1782 m. sudarytame Žiežmarių parapijos aprašyme minimos parapijoje buvusios apleisto totorių kapinės. Taigi Kaišiadorių kapinėse 1826 m. jau minimi palaidojimai. Palyginimui galima pateikti garsiausių Lietuvos kapinių įkūrimo datas  – Vilniaus Rasų kapinės įsteigtos 1801 m., Vilniaus Bernardinų kapinės – 1810 m.
Viena jauna mokytoja, tik ką baigusi pedagoginį institutą ir atvykusi į Kaišiadoris dirbti, kartą pasakė, kad ji stebisi, kokią nevykusią vietą kaišiadoriečiai išsirinko savo kapinėms – prie pat geležinkelio, kuriuo taip dažnai pradunda traukiniai. Geležinkelis buvo nutiestas tikrai seniai – prieš 165 metus (prisiminkime 1860 m. datą ant geležinkelio viaduko ties kapinėmis). Tačiau Kaišiadorių kapinės yra gerokai senesnės ir už patį geležinkelį; ne kapinės, o pats geležinkelis pasirinko tokią kaimynystę. Kapinės buvo įkurtos aukštumėlėje. Vienoje pusėje tekėjo Verdasos upelis, už kurio stovėjo nuo senų laikų totoriams (vėliau – Romeriams ir Strumiloms) priklausęs dvaras, iš kitų pusių juosė pelkės. Tam, kad aplenkti didelį pelkėtą slėnį, per kurį tekėjo Lomena, geležinkelis ties Kaišiadorių kapinėm, važiuojant iš Vilniaus, daro posūkį dešinėn.
XIX a. kapinėse buvo laidojami Kaišiadorių dvarininkai Romeriai. Šios giminės genealoginiame medyje nurodyta, kad čia 1876 m. palaidotas Ričardas Teofilis Romeris bei jo palikuonys. Keista yra tai, kad jų kapavietės nėra žinomos, nors dvarininkų antkapiniai paminklai dažnai būdavo daromi masyvūs, iš gerų medžiagų, naudojant  ilgaamžes medžiagas – akmenį ar metalą. Tačiau įdėmiau pasivaikščiojus po kapines, galima kai ką ir pamatyti, kas galėtų liudyti apie labai senas laidojimo vietas. Naujųjų kapinių keliose vietose žemės paviršiuje rausvo ir pilko granito stačiakampio ir kubo formų šlifuoti luitai. Tai galėtų būti laidojimo rūsių liekanos. Liudininkų teigimu, 1996 m. kasant mirusiajam kapo duobę, buvo rasta plytomis išmūryta duobė. Joje velionis ir buvo palaidotas. Visai šalia minėtos vietos žemės paviršiuje dar prieš keliolika metų buvo galima pastebėti du rausvo granito šlifuotus luitus, įleistus į žemę. O kitoje vietoje dar ir šiandien matyti iš senų granitinių kubo formos luitų sudėlioti laipteliai – greičiausiai jie yra paimti irgi iš suardyto laidojimo rūsio.
Šiuo klausimu vertingos informacijos galime rasti atsiminimų rinkinyje „Atsimenantys Kaišiadorys“, kuriuos išleido Kaišiadorių muziejus 2007 m. Tarpukario laikų Kaišiadorių gimnazijos auklėtinė Elena Žebrauskaitė prisiminė, kad kapinėse prieš karą stovėjo pilko akmens paminklai bei moters statula iš balto akmens, su užrašais lenkų ir rusų kalbomis. „Keliolika plokščių įleistos į žemę, apie 7–10 metrų plote, 1–1,5 m aukščio. Stulpai, sujungti vyro rankos storumo grandinėmis. Neprižiūrimi. Apaugo žole“. Toliau seka įdomus pastebėjimas, kad panašių antkapių yra Vladikiškių kapinėse, kur palaidoti dvarininkai Romeriai. 
1907 m. pirmasis Kaišiadorių parapijos klebonas Valerijonas Goliakas pradėjo rūpintis naujų kapinių Kaišiadoryse atidarymu, nes senosios jau buvo per ankštos, be to netiko dėl kitų sumetimų. 1908 m. rašytame pranešime Vilniaus vyskupijos vyresnybei rašė, kodėl Kaišiadorims reikalingos naujos kapinės. Anot jo, esamos kapinės perpildytos mirusiųjų. Kaip jam pavyko sužinoti, laidojant mirusiuosius duobė būdavo iškasama toje vietoje, kur prieš du–tris mėnesius jau kažkas buvo palaidotas. Ant karsto pastatydavo naują karstą ir vėl užkasdavo. Apie senų kapinių išplėtimą negali būti ir kalbos, nes už jų tvoros plyti pelkė. Be to, senose kapinėse, sekant Bažnyčios kanonais, laidoti katalikų negalima, nes jose buvo laidojami įvairių tikėjimų žmonės,  netgi ir savižudžiai. Žemės sklypą naujų kapinių atidarymui duos dvarininkas Justinas Strumila.
Vilniaus gubernijos valdyba 1908 m. vėlyvą rudenį senąsias kapines uždarė, o naujas kapines leido atidaryti dvarininko J. Strumilos dovanotame žemės sklype. Buvo nurodyta, kad ir senos, ir naujos kapinės turi būti deramai aptvertos – nesvarbu, ar tvora, ar žemių pylimu bei tinkamai prižiūrimos. 1909 m. antrasis Kaišiadorių klebonas Jurgis Murnikas naująsias kapines iškilmingai pašventino. Kapinės buvo aptvertos medine tvora, kuri 1915 m. buvo sudeginta į Kaišiadoris įžengusių kaizerinės Vokietijos kareivių. 
Pirmojo pasaulinio karo laikais per Kaišiadorių apylinkes praeidavo nedidelės bėglių grupės iš priverstinio darbo stovyklų ir iš Vokietijos – rusų karo belaisviai. Ypatingi vokiečių kariuomenės daliniai gaudė bėglius, besislapstančius miškuose ar suradusius prieglobstį pas vietos gyventojus. Iš Beištrakių kaimo gyventojo Simono Geronaičio rašyto dienoraščio matyti, kad 1917 m. liepos 29 d., sekmadienį, vokiečių žandarai Kaišiadoryse sušaudė du rusų karo belaisvius. Tų laikų amžininkas prisiminė apie rusų karo belaisvio J. Lavrovo sušaudymą. Gyventojams buvo pranešta egzekucijos vykdymo vieta ir laikas. Į sušaudymo vietą susirinko daug gyventojų. Kelių sušaudytųjų kapai, tarp jų ir J. Lavrovo, buvo išlikę Kaišiadorių kapinių patvoryje, nes pačiose kapinėse bėglių laidoti neleisdavo. Ilgą laiką šie kapai buvo nelegaliai prižiūrimi. Pirmojo pasaulinio karo metu Kaišiadorių kapinėse buvo palaidota 13 žuvusių karių, o prie stačiatikių cerkvės (ji stovėjo ten, kur šiandien yra autobusų stotis) – 28 kariai. Šiandien nėra likę nei vieno Pirmojo pasaulinio karo žuvusių kareivio kapo.
Kaišiadorių kapinėse buvo palaidota 16 Nepriklausomybės kovų savanorių, per kelerių metų laikotarpį (1919–1922) žuvusių kovose ar dėl nelaimingų atsitikimų, mirę nuo ligų ar žaizdų. Kadangi jie buvo laidojami ne vienu metu, todėl jų kapavietės buvo išsidėsčiusios po vieną ar po keletą įvairiose kapinių vietose. Ant jų kapų pradžioje buvo pastatyti mediniai kryžiai. Po kurio laiko kapus imtasi tvarkyti, pastatant ant jų savanorių kapų skiriamuosius ženklus – skulptoriaus Antano Aleksandravičiaus 1927 m. sukurtus betoninius kryželius, apvestus saulės spinduliais. Netrukus visose Lietuvos kapinėse ant savanorių kapų imti statyti tokie vienodi kryželiai. Jie buvo pastatyti ir Kaišiadorių kapinėse. 1929 m. gruodžio mėnesį Karių kapams tvarkyti komisija Trakų apskrityje sutvarkė karių kapus, taip pat ir Kaišiadorių kapinėse, kur buvo pastatyti antkapiniai paminklai ant 12 savanorių kapų. Kur dingo dar 4 savanorių kapai – nežinoma, greičiausiai jie jau tuomet nebuvo surasti. Šiuo metu į Lietuvos Respublikos kultūros vertybių registrą įrašyti septynių savanorių kapai. Tarpukariu šie kapai buvo nuolat prižiūrimi. 1933 m. spaudoje buvo išvardinti Kaišiadorių šauliai, tvarkę čia palaidotų savanorių kapus: Stapulionis, Dūdavičius, Daukšienė, Tamaravičienė, Marma, Domentavičius, Stankūnas ir Pabrinkis. 1934 m. prie savanorių kapų vyko vasario 16-osios minėjimas, Lietuvos nacionaliniame muziejuje saugomoje tą dieną darytoje fotografijoje matyti kapinėse stovintys įvairaus amžiaus žmonės su vėliavomis, tarp jų ir Trakų apskrities Karo komendantas pulkininkas leitenantas Vladas Žutautas.
Senus betoninius antkapius pakeitus naujais akmeniniais, vienas senasis antkapis – kapitono Jono Samosionkos – paimtas saugojimui į Kaišiadorių muziejų. Deja, šiandien kapinėse naujais antkapiniais paminklais paženklinti tik dalies čia palaidotų savanorių kapai. Nėra žinoma, kur palaidotas eilinis Stasys Leskauskas, kurio antkapis nežinomu būdu atsidūrė netoli kapinių tekančiame Verdasos upelyje.
1933 m. balandžio mėn., būdamas 77-erių metų amžiaus, mirė Kaišiadorių dvaro savininkas Justinas Strumila. Buvo pašarvotas savo dvare. Į laidotuves suvažiavo daug ponų iš kitų dvarų, atvažiavo žydų, su kuriais J. Strumila gyvas būdamas draugavo. Jo palaikus su keturiais arkliais nuvežė į Kaišiadorių katedrą. Iš bažnyčios į kapus poną lydėjo daug žmonių, taip pat kunigas Varnas. Kapinių priekyje (kurios, kaip pamenate, buvo įkurtos jo dovanotame sklype) buvo iškasta duobė ir išmūryta plytomis. „Duobė numirėliui buvo paruošta kaip duonkepis“, – prisiminė vienas jo dvaro kumečių. Į tokią duobę įdėjo karstą su J. Strumilos palaikais. Tais pačiais 1933 m. prieš pat šv. Kalėdas J. Strumilos palaikai iš Kaišiadorių kapinių buvo išimti ir išvežti į Lenkiją. Šią istoriją yra papasakojęs buvęs Kaišiadorių dvaro samdinys Antanas Pranskevičius. Sovietmetis kapinių istorijoje paliko savo žymę. Kapinėse buvo pastatytas aukuras, ant kurio lapkričio 1 d. degdavo ugnis, o per kapinėse įrengtus garsiakalbius sklisdavo gedulinga muzika, žodžiai apie amžinybę ir eilėraščių posmai. Taip sovietinė valdžia bandydavo į savo rankas perimti lapkričio 1 d. švenčiamą Visų Šventųjų dieną, savaip ją pavadindami Mirusių pagerbimo diena. Tačiau ši sovietinė tradicija dingo kartu su sovietmečio pabaiga.
Žmonių atmintis trumpalaikė. Kai kurie kapai buvo apleisti, pasmerkti užmarščiai, ir negailestingas laikas suspėjo pasiimti savo duoklę – štai jau nebegalime rasti skulptoriaus, bažnyčių dekoratoriaus – sukūrusio Kaišiadorių katedros altorius, šventųjų skulptūras, medžio baldus – Vincento Jakševičiaus (1873–1936), palaidojimo vietos.